Балашихинский районный финансовый отдел начинал свою историю в конце 1920 года как финансовый отдел Разинского района. Он состоял всего из 6 человек. В 1929 году, в ходе административно-территориального деления, Разинский район был преобразован в Реутовский район с центром в Реутове.
В 1941 году Реутов и Балашиха объединяют в Балашихинский район, а финансовый отдел переименовывают в Балашихинский районный финансовый отдел, в ведомственном подчинении которого до 1953 года находился Балашихинский горфинотдел.
В середине 50-х город Балашиха получил статус города областного подчинения, а финансовый отдел был переподчинен московскому областному финансовому отделу. Через 6 лет объединились Балашихинский и Щелковский районы. Финансовый отдел, сохранив свое название, обслуживал всю новую территорию.
С 1960 по 1963 год Балашихинский райфинотдел перешел в ведомственное подчинение Московскому городскому финансовому управлению. Затем райфо вновь подчиняют Московскому областному финансовому отделу и именуют городским финансовым отделом Балашихинского исполкома городского Совета народных депутатов.
Выполнением контрольных и учетных функций учреждений, организаций и предприятий района и города в течение двадцати лет — с 1964 по 1984 год руководила Н.Д. Аленичева, а затем с 1984 по 1991 год — А.И. Комисарова.
С 1991 года городской финансовый отдел исполкома Балашихинского горсовета переименовывается в финансовое управление администрации Балашихинского района. А в 2001 году министерство финансов Московской области создает Балашихинское финансовое управление, которое с 2002 года называется Балашихинским управлением областного казначейства министерства финансов Московской области.
25 декабря 2014 года Московская областная дума одобрила закон об объединении городов Балашихи и Железнодорожного. Объединённый город получил название Балашиха. Закон подписан губернатором 30 декабря 2014 года и вступил в силу 22 января 2015 года, население объединённого города составило 412 689 человек, а объединённого городского округа 423 946 человек (на 1 января 2015 года); Балашиха в России стала 5-м из числа крупнейших городов, не являющихся центрами субъектов федерации.
Начиная с 01.01.2016.на территории объединённой Балашихи, включая микрорайон Железнодорожный, действует Финансовое управление Администрации Городского округа Балашиха.